Perintisan Gereja Baptis Indonesia Batu Zaman dimulai pada tahun 1962 oleh Gereja Baptis Pertama (Bandung) yang dilakukan oleh Pdt. Stucky, dibantu oleh Bpk. Peter Tjio dan Pdt. Billy Mathias.

Pada tanggal 2 November 1968, gereja diorganisasikan secara resmi dengan nama Gereja Baptis Batu Zaman.

Pada tanggal 04 Maret 1985, Gereja Baptis Batu Zaman secara resmi menjadi anggota Gabungan Gereja Baptis Indonesia (GGBI) dengan nama Gereja Baptis Indonesia Batu Zaman.